Гарнер родилась в Хьюстоне, штат Техас. Её мать, Патрисия Энн Инглиш — учительница, а отец, Билли Джек Гарнер — инженер-химик; у Дженнифер есть две сестры: Меллиса Гарнер-Уайли и Сюзанна Гарнер-Карпентер.
  В три года Гарнер начала брать уроки балета, которым занималась на протяжении всего детства. Хотя ей, по её собственным словам, и нравилось танцевать, но она никогда не думала о том, чтобы стать классической балериной. Когда Дженнифер было четыре года, в связи с работой отца на компанию Union Carbide семья переехала в Чарлстон, штат Западная Виргиния, где Гарнер жила вплоть до поступления в колледж.
  В 1990 году Гарнер окончила школу имени Джорджа Вашингтона в Чарлстоне и поступила в Университет Денисона, чтобы изучать химию. Но, осознав, что игра на сцене представляет для неё больший интерес, она сменила специализацию на актёрское ремесло. В 1994 году Гарнер окончила университет и собиралась продолжить актёрское образование в Йельском университете, однако после посещения Нью-Йорка в 1995 году она решила попробовать себя в театре.
  В Нью-Йорке Гарнер зарабатывала всего 150 долларов, являясь дублёршей ведущих актрис. После этого она стала появляться на телевидении, дебютировав в телефильме «Зоя» по роману Даниеллы Стил. Далее она снималась в двух непродолжительных сериалах, «Важные люди» (1998) и «Время твоей жизни» (1999), а также в двух фильмах студии Hallmark, включая фильм 1997 года «Роуз Хилл», основанный на бестселлере Джулии Гарвуд «Две розы». В 1996 году Гарнер появилась в одном из эпизодов сериала «Закон и порядок» на NBC. Несколько позже она переехала в Лос-Анджелес, штат Калифорния, где сперва устроилась работать администратором в ресторан. Вскоре её пригласили на роль Ханны Бибб в сериал Warner Bros. «Фелисити». На съёмочной площадке Дженнифер познакомилась со своим будущим мужем, Скоттом Фоли. Гарнер играла девушку его персонажа. В 1999 году она сыграла небольшую роль в одном из эпизодов сериала «Притворщик», а в 2000 году впервые снялась в достаточно известном кинофильме — комедии «Где моя тачка, чувак?», где играла Ванду, девушку героя Эштона Катчера. В следующем году Гарнер сыграла медсестру в высокобюджетной эпической ленте «Пёрл-Харбор», где также снимались её второй будущий муж Бен Аффлек и Кейт Бекинсейл.
  В том же 2001 году Джей Джей Абрамс, продюсировавший «Фелисити», пригласил Гарнер в новый телесериал, который он создавал для ABC. Дженнифер успешно прошла пробы и была утверждена на ведущую роль Сидни Бристоу в драму «Шпионка». Сериал оказался успешным и выходил на экраны пять сезонов, вплоть до мая 2006 года, а Гарнер за свою игру получила в январе 2002 года «Золотой глобус» в номинации «Лучшая актриса драматического сериала» при том, что сериал шёл всего половину сезона. Гонорар Гарнер изначально составлял 45000 долларов за серию, а концу достиг 150 тысяч. За пять лет выхода сериала Гарнер по четыре раза была номинирована на премии «Золотой глобус» и «Эмми». В 2005 году Дженнифер была удостоена премии Гильдии киноактёров США. В марте 2005 года она режиссировала одну из серий «Шпионки» и была одним из продюсеров всего пятого сезона.
  После успеха «Шпионки» Гарнер вернулась в кино с небольшой ролью в фильме Стивена Спилберга «Поймай меня, если сможешь». В 2003 году она исполнила роль Электры Натчиос в фильме «Сорвиголова», экранизации комикса компании Marvel об одноимённом герое, роль которого сыграл Бен Аффлек. Эту же роль она исполнила в фильме 2005 года «Электра», всецело посвящённом её героине. Другим фильмом, где Дженнифер исполнила главную роль, была романтическая комедия «Из 13 в 30», имевшая финансовый успех. Известно, что Гарнер сама исполняет трюки, так в январе 2005 года она пропустила часть рекламных акций фильма «Электра», поскольку повредила спину на съёмках одной из серий четвёртого сезона Шпионки.
  В 2005 году Гарнер была включена журналом Forbes в список 100 самых влиятельных знаменитостей под номером 70. С июня 2004 по июль 2005 она заработала 15 миллионов долларов. Во время церемонии вручения премии «Оскар» в 2006 году Гарнер споткнулась, выходя на сцену для вручения приза за лучшие звуковые эффекты. Она не упала, но потеряла равновесие, после чего шутливо прокомментировала: «Я сама исполняю все свои трюки!».
  Следующим фильмом Гарнер будет романтическая комедия «Поймай и отпусти». Также она озвучила одного из персонажей фильма «Паутина Шарлотты», вышедшего в декабре 2006 года. Гарнер основала продюсерскую компанию Vandalia Films, первый фильм которой должен был выйти в 2007 году. Сама Дженнифер является продюсером двух фильмов компании: «Быть с тобой» и «Отпуск друг от друга». Планировалось участие Гарнер в картине Зака Браффа «Открытые сердца», однако она покинула проект, чтобы проводить больше времени с семьёй. В 2007 году вышел фильм «Королевство», где Гарнер сыграла главную роль вместе Джейми Фоксом. В 2007 году Гарнер играла в ленте Джейсона Райтмана «Джуно».
  В середине 2004 года, Гарнер начала встречаться с коллегой по «Сорвиголове» Беном Аффлеком; они долгое время скрывали свои отношения, но папарацци неоднократно «засекали» их на играх Boston Red Sox. 2005 год стал для Дженнифер очень насыщенным на события.
  29 июня 2005 года Джен вышла замуж за Бена Аффлека на Карибских островах (свадьба была очень маленькая). К алтарю Дженнифер вёл её близкий друг и коллега по «Шпионке» Виктор Гарбер. Этим же летом Гарнер и Аффлек официально подтвердили, что ждут первого ребёнка. Малышка Вайлет Энн Аффлек родилась 1 декабря 2005 года. В 2005 году Гарнер была включена журналом Forbes в список 100 самых влиятельных знаменитостей под номером 70. С июня 2004 по июль 2005 она заработала 15 миллионов долларов. В2006 году Гарнер пригласили на церемонию церемонии вручения премии «Оскар»; Джен споткнулась, выходя на сцену для вручения приза за лучшие звуковые эффекты. Она не упала, но потеряла равновесие, после чего шутливо прокомментировала: «Я сама исполняю все свои трюки!». В 2006 году Джен снялась в 5ом и заключительном сезоне «Шпионки». В этом же году Дженнифер озвучила Сюзи в фильме «Паутина Шарлоты». В 2006, Аффлек, Гарнер и их дочка переехали в Бостон.
  9 января 2009 года Дженнифер стала мамой во второй раз. Она родиа ещё одну дочку, которую назвали Серафина Роуз Элизабет. Дженнифер говорит, что ей очень нравится быть матерью, и что Бен — прекрасный отец. Вайлет любит его больше всех, и Дженнифер счастлива, когда видит их играющими вместе. Но карьеру Гарнер бросать не собирается – уже 1 мая выходит в прокат её новый фильм «Призраки бывших подружек», в котором она сыграла вместе с Мэттью МакКонахи.