2 Сезон: 2005—2006

2.01 «Осада. Часть 3» (англ. The Siege. Part 3)
Майор Шеппард спасен подоспевшим на помощь Атлантиде земным крейсером «Дедалом». Корабль привез на Атлантиду МНТ, над городом поднимают щит. В это время в городе найден лейтенант Форд, рейф успел ввести в него фермент, который изменил Эйдена. Оружие азгардов и их лучевые технологии сбивают несколько кораблей, но оставшихся слишком много.

2.02 «Злоумышленник» (англ. The Intruder)
Доктор Вейр, доктор МакКей и подполковник Шеппард возвращаются на Атлантиду с Земли на «Дедале», когда на борту начинают происходить странные неполадки. Родни приходит к выводу, что в них виноват компьютерный вирус, загруженный рейфами.

2.03 «Беглец» (англ. Runner)
В поисках Форда команда подполковника Шеппарда попадает на планету, где живет Ронон Декс, беглец. Рейфы приходят в этот мир поохотиться на него, а он охотится на них. В его спину вставлен передатчик, поэтому Декс не может уйти отсюда. Беккет готов помочь ему.

2.04 «Дуэт» (англ. Duet)
Стрела рейфов подобрала доктора МакКея и лейтенанта Кедмен. Корабль сбит, но достать можно только одного. Случайно это оказывается Родни. Но так же оказывается, что Зеленка что-то напутал, поэтому в МакКее, кроме его сознания, живет сознание Кедмен.

2.05 «Заключенные» (англ. Condemned)
Атлантийцы обнаружили планету, где врата находятся на острове, служащем тюрьмой. Заключенные были настроены крайне агрессивно, но официальные власти вовремя пришли на помощь гостям. Так команда Шеппарда обнаружила, что в галактике Пегаса, под самым носом у рейфов, есть довольно продвинутая в техническом плане цивилизация. Подозрение вызывает лишь то, какую цену они платят за возможность такого развития.

2.06 «Тринити» (англ. Trinity)
На орбите одной из планет обнаружено множество обломков кораблей, явно погибших в ужасной битве. Некоторые из них определенно принадлежали рейфам. На самой планете единственный уцелевший объект — оружейная установка древних, но внимание МакКея привлекает ее источник питания, работающий он был бы лучше МНТ. Родни решает, что сможет исправить все ошибки древних, восстановив и генератор, и оружие.

2.07 «Инстинкт (первая часть)» (англ. Instinct)
Деревенских жителей одной из планет терроризирует неизвестный монстр, по описанию подозрительно напоминающий рейфа. Команда Шеппарда вызывается помочь местным жителям в его поимке. Через некоторое время поиски приводят их в пещеру, где живут пожилой мужчина и девочка-рейф. Старик утверждает, что смог синтезировать препарат, помогающий рейфу питаться обычной пищей.

2.08 «Превращение (вторая часть)» (англ. Conversion)
Рана, полученная Шеппардом на предыдущем задании, неожиданно быстро затянулась. Через некоторое время все начинают замечать странности в поведении Джона. Доктор Беккет обнаруживает, что в кровь подполковника попал ретровирус, который должен блокировать в ДНК Рейфов участки, доставшиеся им от жуков иратуса, но действует прямо противоположным образом. Если команде врачей не удастся срочно восстановить Шеппарда на генетическом уровне, он превратится в насекомое.

2.09 «Аврора» (англ. Aurora)
Дальнейшее изучение технологий Атлантиды позволяет обнаружить корабль древних на самой окраине галактики Пегаса. Команда Шеппарда на «Дедале» отправляется за ним, но обнаруживают, что рейфы опередили их. Корабль-разведчик удается уничтожить, но приходится спешить, поскольку рейфы успели вызвать помощь. На «Авроре» Атлантийцы находят около 500 камер стазиса с чрезвычайно постаревшими древними внутри. МакКей обнаруживает, что камеры поддерживают ментальную связь друг с другом, создавая некую виртуальную среду. Шеппард погружается в одну из камер, чтобы войти в сеть. Там он обнаруживает весь экипаж «Авроры», который спешит вернуться домой, не подозревая, что все окружающее не реально. Тем временем Ронон и Тейла находят в одной из камер рейфа.

2.10 «Потерянные парни (первая часть)» (англ. The Lost Boys)
Во время одной из миссий неизвестные нападают на команду Шеппарда и проводят к себе на планету. Там выясняется, что эти люди — банда Форда, которую он посадил на фермент. Теперь они разрабатывают собственные операции против рейфов. В одной из них им понадобилась помощь Шеппарда, для этого его команда и была захвачена, а чтобы в будущем доказать пользу фермента Вейр, Форд обманом и силой заставил принимать его всех, кроме Джона.

2.11 «Улей (вторая часть)» (англ. The Hive)
Остатки банды Форда и команда Шеппарда пытаются бежать из камеры на корабле-улье. По пути Джон решает помочь людям, законсервированным в коконах, и беглецы снова оказываются пойманы рейфами. Постепенно действие фермента начинает проходить, и у принимавших его начинается ломка. Тем временем МакКею удается бежать из пещеры, где его держали люди Форда, за помощью на Атлантиду.

2.12 «Прозрение» (англ. Epiphany)
Джон оказывается в поле расширения времени, и пока Родни только удается выяснить это, Шеппард уже отчаивается дождаться помощи и начинает исследовать окрестности внутри поля. Он обнаруживает небольшое поселение, жители которого проводят все время в медитациях, следуя по пути к вознесению. Джон еще не знает, что за несколько часов, что атлантийцы ищут способ вызволить его, ему придется провести в монастыре несколько месяцев.

2.13 «Критическая масса» (англ. Critical Mass)
На Земле, в Командном центре Звёздных врат получена информация, что гоа'улды, захватившие Трест, смогли проникнуть на Атлантиду и заложить там бомбу, которая сдетонирует, как только будет открыта червоточина на Землю — и это должно произойти через пару часов. Доктору Ли удается придумать способ, как с помощью «Дедала» вовремя переслать сообщение на Атлантиду, но и после этого опасность не миновала: бомба запустила сигнал бедствия, который привлек внимание крейсеров рейфов. Пока МакКей и Кедмен пытаются найти способ спасти город, Вейр начала поиски лазутчика.

2.14 «Грейс под давлением» (англ. Grace Under Pressure)
Испытание джампера после ремонта заканчивается неудачей, и корабль падает в океан. Лобовое стекло не выдержало давления воды, но МакКею удалось вовремя скрыться в заднем отсеке джампера. От сотрясения, полученного при падении, а также от вечной необходимости говорить с кем-то, его сознание порождает видение Саманты Картер. Пока МакКей спорит сам с собой о спасении, Шеппард и Зеленка готовят свою спасательную операцию.

2.15 «Башня» (англ. The Tower)
Знакомство с очередным аграрным обществом приносит сюрприз. Жители деревни рассказывают, что планету многие поколения защищает некая башня. На деле оказывается, что башня чрезвычайно напоминает центральный шпиль Атлантиды, а защитное оружие — управляемые снаряды. Инцидент в деревне приводит к тому, что Шеппард вынужден посетить аудиенцию у лорда-защитника и попасть в самую гущу интриг королевского двора.

2.16 «Долгое прощание» (англ. The Long Goodbye)
На орбите луны одной из планет команда атлантийцев находит две спасательные капсулы. Во время осмотра энергия переносит сознание женщины из капсулы в Вейр. Женщина сообщает, что их корабль был уничтожен рейфами, и просит дать проститься с мужем, который покоится во второй капсуле. Когда сознание мужчины оказывается в Шеппарде, выясняется, что пара — не супруги, а старые враги, которые хотят свести прежние счеты.

2.17 «Государственный переворот» (англ. Coup D'Etat)
Пока Шеппард расследует исчезновение команды майора Лорна, на Атлантиду прибывает один из дженаев, объявленный у себя на родине вне закона. Он просит у доктора Вейр помощи в свержении шефа Кауэн. Элизабет готова согласиться, но только в обмен на МНТ. Когда на Атлантиду прибывает большая группа дженаев, но модуль с собой не приносит, Вейр начинает подозревать ловушку. Тем временем Джон снова сталкивается с шефом Кауэном и узнает, что Дженаи решили захватить флот паддл-джамперов, чтобы с их помощью уничтожать корабли рейфов, жертвуя своими жизнями.

2.18 «Майкл» (англ. Michael)
Молодой лейтенант приходит в сознание в медчасти Атлантиды, но ничего не помнит о своем прошлом. Из-за того, что все слишком внимательны к нему, Майкл начинает подозревать, что в его прошлом есть какая-то тайна. Выясняется, что он был рейфом и стал объектом для испытания ретровируса доктора Беккета, блокирующего гены жуков иратуса. Тем временем Ронон начинает подозревать, что внешнее обращение рейфа в человека не изменило его сознания.

2.19 «Ад» (англ. Inferno)
Команда атлантийцев изучала технологию одной из планет, когда МакКей обнаружил, что одно из поселений находится прямо на гигантском вулкане, а частые землетрясения говорят о скором и неизбежном извержении. Вейр разрешает временно эвакуировать жителей на Атлантиду, но в это время вулкан просыпается и поглощает врата. Команда Шеппарда оказывается в ловушке на планете, единственный выход — неисправный корабль древних, идентичный «Авроре», найденный на планете. Доктор Вейр со своей стороны отправляет на помощь «Дедал», но ситуация усложняется тем, что к планете приближается корабль рейфов.

2.20 «Союзники (первая часть)» (англ. Allies)
Междоусобные войны у рейфов привели к тому, что Майкл, некогда обращенный ретровирусом Беккета в человека, вернулся на Атлантиду вместе с небольшой группой своих единомышленников, чтобы предложить объединить усилия в борьбе против остальных рейфов. Для этого Карсон должен придумать способ распространять ретровирус по воздуху. Но пока все надеются, что обрели новых союзников, подозрения не дают Ронону покоя.

4 Сезон: 2007—2008

4.01 «Дрейф (вторая часть)» (англ. Adrift)
Атлантида вынырнула из гиперпространства в неизвестной точке. Луч репликаторов сильно повредил магистральную электропроводку в городе, и потери энергии препятствуют продолжению полета. Пока МакКей и Зеленка пытаются вернуть город в гиперпространство, доктор Келлер изо всех сил борется за жизнь смертельно раненной Элизабет Вейр.

4.02 «Единственная надежда (третья часть)» (англ. Lifeline)
Энергии в МНТ Атлантиды оставалось на считанные часы. Единственным спасением мог стать только новый МНТ. По случайности, мощности джампера как раз хватало, чтобы добраться до планеты репликаторов. На дело отправились Шеппард, МакКей, Вейр и Декс. Элизабет была их козырем, но все понимали, что эту карту могут разыграть и репликаторы.

4.03 «Воссоединение» (англ. Reunion)
Земляки Ронана обращаются к атлантийцам с просьбой помочь в атаке на военную базу рейфов. В ходе операции им придется столкнуться с неожиданным врагом.

4.04 «Призрак-двойник» (англ. Doppelganger)
Во время очередной миссии Шеппард случайно становится носителем некого бестелесного инопланетянина. Гость пытается общаться с атлантийцами через их сны, вот только сны становятся жуткими кошмарами. С Джоном в роли Фредди Крюгера.

4.05 «Кочевники» (англ. Travelers)
Шеппарда пленила очаровательная Ларрин, предводительница расы скитальцев. В отличие от большинства рас Пегаса этот народ решил укрываться от рейфов не на планете, а в космосе — многие поколения сменялись на кораблях, бороздящих галактику. Некоторое время назад они заметили появление новой силы в Пегасе, и их заинтересовало наличие у Джона гена атлантийцев.

4.06 «С чистого листа» (англ. Tabula Rasa)
Всю Атлантиду поразил вирус, вызывающий потерю памяти. Не затронул он только Ронана и Тейлу. Всем придется объединить усилия, чтобы срочно найти лекарство, пока память не исчезла полностью.

4.07 «Пропавшие» (англ. Missing)
Тейла в компании доктора Келлер отправилась на Новый Атос, куда был переселен ее народ, но теперь таинственно исчез. Там они практически сразу столкнулись с примитивным воинственным народом, от которого приходится спасаться бегством.

4.08 «Провидец» (англ. The Seer)
Поиск атозианцев приводит Тейлу к человеку, который обладает необычайным провидческим даром. Он не только рассказывает ей, что ее народ жив, хоть и сокрыт тьмой, а будущему Атлантиды угрожают ульи рейфов, летящие к ней. Кроме этого он знает, что Тейла беременна, хоть пока и никому не сказала об этом.

4.09 «Перекресток Миллер» (англ. Miller's Crossing)
После воссоединения семьи, Родни поддерживал постоянный контакт со своей сестрой, и когда это стало известно не тем людям, Джинни попала в ловушку. МакКей отправился искать ее, но угодил в ту же западню. Они оказались в лаборатории медицинской корпорации, занимавшейся созданием лекарств на основе инопланетных технологий. Президент корпорации решил вылечить свою дочь, смертельно больную лейкемией, с помощью нанитов. Но девочке стало только хуже. Пока МакКей с сестрой занимался их перепрограммированием, на Землю прибыла команда атлантийцев, чтобы участвовать в поисках пропавших товарищей.

4.10 «Суета земная (первая часть)» (англ. This Mortal Coil)
Когда неизвестный снаряд неожиданно попадает в Атлантиду, вся команда приходит в ужас, предполагая, что это репликаторы нашли город. Но Шепард понимает, что странности только начинаются.

4.11 «Помяни мои грехи (вторая часть)» (англ. Be All My Sins Remember'd)
Команда желает уничтожить асуран раз и навсегда, собирая флот из кораблей-ульев для борьбы вместе с «Дедалом» и «Аполлоном». К сожалению, не все корабли желают ввязываться в бой, а сама экспедиция пожет привести к событиям вне их контроля.

4.12 «Боевые трофеи (третья часть)» (англ. Spoils of War)
Команда Атлантиды успешно захватывает корабль-улей, повреждённый в совместной битве против асуран. В процессе, они извлекают критическую информацию которая может помочь им в их непрекращающейся борьбе с рейфами.

4.13 «Карантин» (англ. Quarantine)
Атлантис неожиданно инициирует режим изоляции: все двери заблокированы, радиосвязь не работает, жители маленькими группами отрезаны друг от друга в разных отсеках. Картер и Зеленка застряли транспортере, и Шеппарду с Лорном довольно легко удается освободить их. Для дальнейшего продвижения по городу им приходится задействовать вентиляцию. МакКей не сразу узнает о проблемах, приятно проводя время в ботанической лаборатории своей подруги, Кейти Браун.

4.14 «Хармони» (англ. Harmony)
На знакомой планете, Шеппард и МакКей соглашаются провести принцессу Хармони к храму, где она сможет стать королевой. Но даже это простое задание усложняется присутствием отряда дженай охотящимся на Гармонию по приказу её сестры.

4.15 «Изгой» (англ. Outcast)
После смерти отца Шеппарда, он и Ронон возвращаются на Землю чтобы помянуть его, но узнают что случилось кое-что невероятное — на Земле буянит человекоподобный репликатор. Расследовав ситуацию, они понимают что он был нелегально создан земными учёными.

4.16 «Трио» (англ. Trio)
На другой планете, МакКей, Келлер и Картер оказываются запертыми в пещере, без возможности выбраться. Чтобы скоротать долгие часы, это трио пытается узнать друг друга получше.

4.17 «Мидуэй»[2] (англ. Midway)
По просьбе Картер, Тил’к путешествует в Атлантиду чтобы помочь Ронону, когда Международный Комитет начинает ему угрожать. Когда между двумя воинами начинает возникать трение, они узнают что группа рейфов пробралась на космическую станцию Мидуэй и Землю.

4.18 «Кровные узы. Часть 1» (англ. The Kindred. Part 1)
Загадочная новая эпидемия охватывает галактику Пегас. Тейла уверена что отец её ребёнка пытается связаться с ней посредством телепатических видений на тему чумы… но виновником видений оказывается старый знакомый экспедиции.

4.19 «Кровные узы. Часть 2» (англ. The Kindred. Part 2)
Вся команда в шоке при появлении Карсона Беккетта в одежде Майкла. Но для того чтобы он смог вернуться в Атлантиду, команде прийдётся провести отчаянную операцию по извлечению друга; но эта операция может оказаться на руку Майклу. Тейла обнаруживает важную информацию о её племени.

4.20 «Последний (первая часть)» (англ. The Last Man)
Шеппард возвращается с рутинного задания и обнаруживает Атлантиду заброшенной и окружённой песчаными дюнами. Оставшись последним в Атлантиде, он должен узнать причину этого загадочного события.